Soutenance de thèse de Madame Laurine LAMBELIN

Le 12 décembre 2024 de 14:00 à 17:00

14h00 | Faculté des Sciences | Amphi L003 | 2, boulevard Lavoisier | ANGERS

Sujet : Identification de gènes candidats dans la résistance quantitative du rosier à la maladie des taches noires causée par le champignon Diplocarpon rosae

Directeur de thèse : Monsieur Fabrice FOUCHER

RÉSUMÉ

La maladie des taches noires, causée par le champignon Diplocarpon rosae, est l'une des principales maladies foliaires des rosiers de jardin. Les cultivars résistants constituent une alternative efficace à l'utilisation de fongicides, mais les bases génétiques de la résistance ne sont pas bien connues. Pourtant, la compréhension des mécanismes sous-jacents est essentielle pour un déploiement efficace et durable des cultivars résistants. Un hybride de Rosa wichurana (RW) présente une résistance quantitative à la maladie des taches noires. L'analyse d'une descendance F1 issue d'un croisement entre le cultivar sensible Rosa chinensis 'Old Blush' et RW a montré que sa résistance résulte principalement de deux loci de traits quantitatifs (QTL), situés sur les groupes de liaison 3 (QTL B3) et 5 (QTL B5). Les objectifs de cette thèse étaient de caractériser les mécanismes moléculaires associés à ces QTL et d'identifier des gènes candidats potentiels. Ainsi, le séquençage de l'ARN a été effectué sur RW et quatre individus F1 présentant différentes combinaisons de QTL (B3, B5 ou les deux). Le QTL B3 était associé à des mécanismes de résistance « classiques », impliquant la détection de l’agent pathogène et des cascades de signalisation conduisant à la production de ROS, au dépôt de callose et à une mort cellulaire localisée. En revanche, les individus possédant le QTL B5 partageaient peu de gènes différentiellement exprimés, ce qui rendait difficile de faire un lien avec des mécanismes globaux. L'expansion de la descendance F1 et son génotypage avec des marqueurs KASP ont permis d'affiner les intervalles de confiance des QTL et d'identifier deux QTL distincts sur le groupe de liaison 5. L'examen des gènes dans les intervalles de confiance des QTL a révélé des gènes hémizygotes et des gènes avec des variants génomiques, représentant des candidats intéressants pour la résistance à la maladie des taches noires. Cette étude constitue une première étape vers le clonage des gènes sous-jacents aux QTL de résistance et l'identification de marqueurs moléculaires utilisables en sélection variétale de rosiers de jardin.

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